Shintaro Kisaragi es un hikikomori de 18 años que lleva encerrado en su habitación dos años con la única compañía de su ordenador y su conexión a Internet. Desde hace un año Shintaro vive ´preso´ de una ciberchica llamada Ene, la cual apareció en su pantalla de ordenador. Cuando por primera vez en dos años sale de su habitación y llega al centro comercial, entra en contacto con el grupo de adolescentes llamado ´Mekakushi Dan´, quienes consiguen sabotear un secuestro con sus superpoderes visuales. Y una vez revelado su secreto, no pueden dejarle marchar a Shintaro como si nada.